Activitatea institutului se desfășoară în conformitate cu Sistemul Integrat de Management Calitate-Mediu, SR EN ISO 9001:2015 (Certificat Q – 5364/23/05.06.2023) și SR EN ISO 14001:2015 (Certificat E-5364/23/05.06.2023).

De asemenea, în institut a fost implementat Sistemul de Management Sănătate și Securitate în Muncă, conform referențial SR ISO 45001:2018 (Certificat O-5364/23/05.06.2023) și Certificat de inregistrare nr.715/23.05.2023.

Institutul este atestat de către Asociația Română de Mediu 1998  prin Certificat de atestare nr. 239/31.05.2022 pentru elaborarea studiilor de mediu (rapoarte de mediu, studii de impact de mediu, bilanțuri de mediu, documentații pentru obținere autorizații integrate de mediu) și deține Certificatul de atestare nr. 57/08.12.2021  pentru elaborarea documentațiilor tehnice pentru obținerea avizelor și autorizațiilor de gospodărire a apelor.

Laboratoarele de încercări analitice din cadrul Departamentului Control Poluare, Laboratorul de Analize Deșeuri (București) și Laboratorul Analize Mediu din cadrul Sucursalelor Timișoara și Râmnicu-Vâlcea sunt acreditate RENAR, conform referențialului SR EN ISO/IEC 17025:2018 (Certificat de acreditare nr. LI 941/15.12.2023).

Institutul deține Certificatul de Inregistrare nr. 715/23.05.2023  emis de Ministerul Sănătății, Direcția Generală de Asistență Medicală și Sănătate Publică pentru activitățile de prelevare probe și monitorizare de control a calității apei potabile.