Institutul a fost înființat în 1977 prin Decretul nr. 112/1977, sub denumirea de Institutul de Cercetare și Proiectare pentru Epurarea Apelor Reziduale – ICPEAR, în coordonarea Ministerului Industriei Chimice, cu sediul în București și cu o sucursala la Timișoara și, ulterior, în 1982 s-a înființat Sucursala Râmnicu Vâlcea.
Obiect de activitate: elaborarea tehnologiilor și proiectarea instalațiilor pentru epurarea apelor uzate rezultate din industria chimică și petrochimică.

În 1991 sectorul de proiectare s-a separat, transformându-se în S.C. IPROMED S.A. În aceste condiții sectorul de cercetare a preluat patrimoniul propriu și și-a dezvoltat continuu domeniile de cercetare, trecând de la elaborarea de tehnologii pentru ape reziduale la elaborarea de soluții pentru diferite componente ale factorilor de mediu: apă, aer, sol, respectiv extinderea domeniului de expertiză de la industria chimică la rezolvarea problemelor de mediu pentru majoritatea ramurilor industriale:

• Procese de tratare ape uzate din alte sectoare industriale (anii 1990);
• Ape uzate urbane (după 1990);
• Poluarea aerului (1995) și a solului (1997);
• Evaluarea stării de poluare, a impactului și riscului ecologic determinat de activitățile industriale (1998);
• Proiectare și implementare sisteme de management al calității și mediului (2000);
• Suport pentru introducerea principiilor de dezvoltare durabila la întreprinderi: analize procese tehnologice și producție curată, ecoeficiență, evaluare și evidența costurilor de mediu, introducerea elementelor de durabilitate în definirea obiectivelor strategice de dezvoltare ale unităților industriale (după 2000);
• Cursuri de formare și perfecționare personal (după 1990), evaluare competente în domeniul mediului (începând din 2010).

Institutul a primit recomandarea de a deveni institut național în urma unui audit extern comandat de Ministerul Cercetării, efectuat în 1995 pentru unele dintre institutele de cercetare din România. Recomandările au avut în vedere unicitatea activității institutului la nivel național, rezultatele obținute, multidisciplinaritatea abordărilor, răspunsul prompt, adecvat la nevoile de mediu ale unităților economice.

În anul 1999 ICPEAR a fost transformat prin acreditare în Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare pentru Ecologie Industrială – INCD ECOIND sub autoritatea Ministerului Industriilor și Resurselor (actualmente Ministerul Economiei), în conformitate cu prevederile HG nr. 261/1999, Ordonantei nr.57/2002 și a Regulamentului de Organizare și Funcționare aprobat prin HG nr. 961/2005.

De la înființare (1977) și până în prezent, institutul a evoluat continuu, transformându-se dintr-un institut de cercetare dedicat proiectării instalațiilor și elaborării tehnologiilor de epurare a apelor uzate provenite din industria chimica și petrochimica (ICPEAR – fosta denumire) într-un institut național de cercetare-dezvoltare, cu o abordare globala a tuturor aspectelor de mediu în domeniul ecologiei industriale, recunoscut la nivel național și cu o prezența din ce în mai activa în parteneriatele internaționale.

INCD ECOIND a fost reacreditat ca institut național în 2001 și în 2008 de către Ministerul Educației și Cercetării, respectiv de către Autoritatea Naționala pentru Cercetare Științifică.

În perioada 2009-2012, prin implementarea proiectului POS CCE 115/2600 cofinanțat prin Fondul European de Dezvoltare Regională, s-a realizat o noua infrastructură de cercetare prin construirea unui nou sediu al institutului cu toate utilitățile necesare desfășurării unei activități de cercetare performante. Prin același proiect a fost completata și dotarea institutului cu echipamente moderne, ceea ce a facilitat diversificarea activităților de cercetare și serviciilor de mediu, modernizarea laboratoarelor existente și dezvoltarea unor laboratoare noi. Dotarea cu echipamente /instalații moderne de laborator și pentru experimentări în teren a permis dezvoltarea de cercetări competitive la nivelul de calitate al laboratoarelor de referință din domeniu.

În 2013 (prin H.G. nr.185/2013, cu modificările/completările ulterioare), INCD ECOIND a trecut din coordonarea Ministerului Economiei în coordonarea Ministerului Educaţiei Naţionale – Agenția Natională de Cercetare Dezvoltare Inovare.

În perioada 08.08.2014 – 31.12.2015 a fost implementat proiectul nr. 1881/48693 “Centrul de Cercetări Interdisciplinare Avansate pentru Mediu și Industrie – MEDIND” cofinanțat prin Fondul European de Dezvoltare Regionala în cadrul Programului Operațional Sectorial “Creşterea Competitivităţii Economice – Investiţii pentru viitorul dumneavoastră”.
Obiectivul proiectului a fost modernizarea și extinderea infrastructurii INCD ECOIND prin crearea unui Centru de Cercetări Interdisciplinare Avansate pentru dezvoltarea / extinderea unor direcții noi de cercetare care să acopere un spectru larg de activități conexe ecologiei industriale, în domeniile: biologie moleculară, genetic și microscopie electronică; analize biologice și studii ecotoxicologice; evaluarea calității aerului de interior, a nivelului de miros prin olfactometrie dinamică; caracterizarea completă a deșeurilor industrial și a nămolurilor – domenii de actualitate, neabordate complet sau deloc la nivel național, dar în acord cu tendințele cercetării de mediu pe plan European și internațional. Prin proiect, pe lângă dezvoltarea infrastructurii existente s-au creat și 5 noi laboratoare de cercetare avansată, anticipându-se noile tendințe de cercetare pe plan European și mondial în domeniul protecției mediului.
Astfel, în cadrul proiectului “MEDIND” s-a reușit:

• crearea a 5 laboratoare noi de cercetare avansată:
• Laborator de Biologie Moleculară (LBM);
• Laborator de Microscopie Electronică și Corelativă (LME);
• Laborator Pregătire/Pretratare Deșeuri Industriale (LPDI);
• Laborator Evaluare Calitate Aer Interior (LAI);
• Laborator Olfactometrie Dinamică (LOD);
• modernizarea a 4 laboratoare de cercetare dezvoltare existente
• Laborator Analiza Judiciară de Mediu (JUDMED);
• Laborator Control Poluare Sol-Deșeuri;
• Laborator Bioteste – Analize Biologice (B);
• Laborator de Control Bacteriologic (LBC).